Développement de tests PCR focalisés sur les séquences codantes des gènes pour la détection des OGM

F. Debode, E. Janssen, G. Berben

Résumé


Description du sujet. Cet article présente le développement, l'évaluation et les limitations de tests de criblage basés sur des gènes et utilisés dans le cadre de la détection des OGM. Objectifs. Le but de la recherche est de proposer de nouvelles cibles basées sur la séquence codante de gènes. Ces tests viendront rejoindre un panel d'essais PCR déjà existants de manière à pouvoir réaliser une meilleure détection des OGM. Méthode. Des méthodes basées sur la technique de PCR en temps réel avec sondes d'hybridation ont été développées pour des gènes fréquemment utilisés dans les constructions transgéniques. Les méthodes ont été évaluées sur la base de leur spécificité et de leur sensibilité. Résultats. Huit tests PCR ont été sélectionnés sur la base des séquences des gènes bar, pat, EPSPS, gox, gus et hsp70. Deux d'entre eux ont montré un intérêt limité suite à l'obtention de signaux positifs liés à la présence d'organismes donneurs. Ces interférences sont dues à des séquences résiduelles d'Escherichia coli dans les réactifs utilisés pour l'amplification dans le cas du test gus, tandis que pour la cible hsp70, tenant compte qu'actuellement le hsp70 est uniquement introduit dans des maïs génétiquement modifiés, le test est dénué d'intérêt car le hsp70 provient du maïs. Les tests bar, pat, EPSPS et gox ont détecté avec succès les éléments structuraux introduits dans les constructions transgéniques. Plusieurs tests ont été proposés pour le gène EPSPS de manière à couvrir les différentes versions du gène. Conclusions. Des tests PCR pour les séquences codantes des gènes bar, pat, EPSPS et gox ont été développés et ont répondu aux critères de performance souhaités en termes de spécificité et de sensibilité. Les cibles peuvent être amplifiées avec les mêmes conditions d'amplification que celles d'autres tests visant des promoteurs et des terminateurs, et peuvent donc être utilisées en combinaison, de manière à fournir une meilleure couverture des OGM ainsi que de premières indications sur les OGM en présence.

Mots-clés


Détection OGM; gènes; pat; bar; EPSPS; gox; gus; hsp70; criblage; éléments structurels; PCR en temps reel

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ISSN : 1370-6233 / eISSN : 1780-4507 | Facteur d'impact 5 ans : 0,884 Google scholar Most cited papers

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